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FE2026
Entreprise individuelle

Meilleur logiciel Facturation Agréé pour Entreprise Individuelle

Vous dirigez une entreprise individuelle (EI) et cherchez un logiciel de facturation électronique adapté ? On a testé 8 solutions agréées PA/PDP pour les entrepreneurs individuels au régime réel.
Ilan Lemos
Ilan Lemos1 min de lecture

Pourquoi ce comparatif pour les entreprises individuelles ?

L'entreprise individuelle (EI) est un statut juridique qui permet d'exercer en nom propre avec une responsabilité limitée au patrimoine professionnel (depuis 2022). Contrairement à la micro-entreprise, l'EI au régime réel implique une comptabilité plus complète.

Avec la réforme de la facturation électronique 2026, les entreprises individuelles devront être équipées d'un logiciel conforme. La bonne nouvelle : plusieurs solutions sont parfaitement adaptées à ce statut, avec un bon équilibre entre simplicité et fonctionnalités comptables.

On a testé 8 logiciels adaptés aux entreprises individuelles, en évaluant leur gestion du régime réel simplifié et leur rapport qualité/prix.

Méthodologie de test
  • Test de chaque solution en configuration EI au régime réel
  • Évaluation de la gestion de la TVA (déclaration, crédit de TVA)
  • Test de l'export comptable pour l'expert-comptable
  • Vérification du statut PA/PDP sur le registre officiel de la DGFIP
  • Analyse du rapport qualité/prix pour les petites structures
  • Test de la collaboration avec un expert-comptable

Ce classement est établi en toute indépendance. Nous ne percevons aucune commission sur les ventes. Les éditeurs ne peuvent pas payer pour améliorer leur position.

Notre classement

Logo PENNYLANE

PENNYLANE

Meilleur choix
À partir de 14€/mois

Pennylane est une plateforme tout-en-un de gestion financière et comptable conçue pour les TPE, PME et experts-comptables français. Immatriculée comme Plateforme Agréée depuis 2024, elle permet déjà d'émettre et recevoir des factures électroniques au format Factur-X sans surcoût, avec intégration native de toutes les fonctionnalités comptables : facturation illimitée, compte pro avec IBAN français, synchronisation bancaire automatique avec plus de 100 banques, suivi de trésorerie en temps réel, gestion des notes de frais et collaboration directe avec votre expert-comptable. La solution centralise l'ensemble des données financières pour offrir une vue unifiée et automatisée de la situation comptable, permettant aux dirigeants de prendre des décisions éclairées basées sur des informations actualisées. Avec plus de 4 500 cabinets comptables partenaires et une valorisation de 2 milliards d'euros suite à sa levée de 75 millions en 2025, Pennylane s'impose comme le leader français de la transformation digitale comptable.

Points forts

  • Interface moderne et intuitive, synchronisation bancaire temps réel avec 350+ banques
  • Collaboration cabinet-client fluide avec espace partagé et validation des écritures
  • Automatisation poussée : OCR, rapprochement bancaire, pré-comptabilisation IA

À savoir

  • Tarification progressive qui peut grimper avec le volume de transactions
  • Courbe d'apprentissage pour les experts-comptables habitués aux outils traditionnels
  • Fonctionnalités CRM et devis moins avancées que les solutions spécialisées
Logo Axonaut

Axonaut

Excellent rapport qualité/prix
À partir de 34,99 € HT/mois

Axonaut est un logiciel de gestion tout-en-un français pour TPE et PME qui centralise CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface intuitive et accessible.

Points forts

  • Solution 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité dans une interface intuitive
  • 320 000 utilisateurs : adoptée par plus de 12 000 entreprises françaises
  • Application mobile complète (iOS/Android) avec API REST et connecteur MCP

À savoir

  • Trop complet pour les micro-entreprises n'ayant besoin que de facturation simple
  • Fonctionnalités limitées pour ETI et grands comptes nécessitant un ERP
  • Intégrations tierces moins nombreuses que les leaders internationaux
Logo Sellsy

Sellsy

Alternative solide
À partir de 39€/mois

Sellsy est un logiciel français tout-en-un qui centralise CRM, facturation, trésorerie et pré-comptabilité dans une interface intuitive. Destiné aux TPE et PME, il permet de gérer devis, factures, abonnements récurrents, paiements en ligne (Stripe, GoCardless), relances automatiques et rapprochement bancaire. Rachetée par TeamSystem en septembre 2025, la plateforme compte plus de 23 000 entreprises clientes et 180 collaborateurs. Sellsy est immatriculée Plateforme Agréée (PA) pour la facturation électronique obligatoire 2026, avec formats structurés (Factur-X, UBL, CII) inclus sans surcoût. L'IA intégrée accélère la rédaction de devis et relances. Solution idéale pour facturer plus vite, encaisser plus tôt et piloter son activité en temps réel.

Points forts

  • CRM complet avec pipeline commercial visuel et automatisations marketing
  • Suite intégrée : prospection → devis → facture → comptabilité sans ressaisie
  • 35 000 entreprises clientes, support français réactif basé à La Rochelle

À savoir

  • Interface parfois dense avec beaucoup de fonctionnalités à maîtriser
  • Tarif par utilisateur qui peut peser pour les équipes nombreuses
  • Reporting avancé réservé aux formules supérieures

Alternatives

4
Logo INDY

INDY

Indy est la solution comptable n°1 des indépendants français avec 200 000+ utilisateurs et note 4.7 Trustpilot. Basée à Lyon, Indy propose une plateforme complète officiellement immatriculée Plateforme Agréée pour la réforme 2026. L'offre Essentiel 100% gratuite inclut comptabilité automatisée (synchronisation bancaire, IA catégorisation, détection TVA), facturation conforme 2026, compte pro gratuit (IBAN FR, carte Mastercard, virements instantanés) et suivi temps réel. Formules payantes: Plus 9€/mois (fonctionnalités avancées pilotage) et Premium dès 12€/mois (déclarations obligatoires avec spécialistes). Cibles: auto-entrepreneurs, EI BNC, SAS/SASU, SARL/EURL <247k€ CA services ou <840k€ vente, SCI, LMNP. Support client 5 étoiles réponse <2min chat avec conseillers experts. Applications mobiles iOS (4.9) et Android (4.8) pour gestion nomade. Création entreprise offerte avec accompagnement gratuit spécialistes choix statut. Garantie satisfait ou remboursé 30 jours sans engagement.

5
Logo TIIME PDP

TIIME PDP

TIIME PDP est la seule plateforme agréée de facturation électronique 100% gratuite en France, immatriculée sous le numéro 0037 par la DGFiP. Conçue spécifiquement pour les indépendants, freelances, TPE et PME, TIIME propose une solution complète intégrant facturation électronique, comptabilité, compte professionnel et e-reporting dans un seul outil centralisé. Avec plus de 300 000 entrepreneurs utilisateurs et une note exceptionnelle de 4,8/5 sur plus de 4 700 avis, TIIME se distingue par sa simplicité d'utilisation et son accompagnement pas à pas. La plateforme est certifiée ISO 27001 et SecNumCloud, garantissant la sécurité des données, et est interopérable Peppol pour les échanges européens. Contrairement à la plupart des concurrents, TIIME maintient sa gratuité totale sans frais cachés pour l'émission et la réception de factures électroniques.

6
Logo QONTO

QONTO

Qonto est une néobanque professionnelle française immatriculée Plateforme Agréée (PA n°23) par la DGFiP pour la facturation électronique obligatoire 2026. Elle combine compte professionnel et logiciel de facturation conforme au format Factur-X dans une interface unique. La solution permet de créer, envoyer et recevoir des factures électroniques en conformité réglementaire, tout en centralisant la gestion bancaire et comptable. Qonto se distingue par son approche tout-en-un incluant la facturation électronique sans surcoût dans tous ses forfaits, des virements instantanés, plus de 80 intégrations tierces, et un accès comptable direct. Particulièrement adaptée aux TPE-PME de 5 à 50 salariés, la plateforme offre une transition simple vers la conformité 2026 avec un accompagnement dédié et une interface pensée pour les entrepreneurs.

Tableau comparatif

OutilFacturationFrançaisMobileAPICRMComptaIllimité
PENNYLANE
PENNYLANE
Axonaut
Axonaut
Sellsy
Sellsy
INDY
INDY
TIIME PDP
TIIME PDP
QONTO
QONTO
Abby
Abby
@N2F PDP
@N2F PDP

Comment choisir son logiciel en entreprise individuelle ?

Le choix du logiciel dépend de votre régime fiscal et de votre collaboration avec un expert-comptable.

Critères essentiels pour entreprise individuelle

5 points positifs

  • Gestion complète de la TVA (collectée, déductible, déclaration)
  • Export comptable compatible avec votre expert-comptable
  • Rapprochement bancaire automatique
  • Suivi de trésorerie et tableau de bord
  • Statut PA/PDP pour la conformité 2026

Points d'attention

4 points d'attention

  • Vérifiez la compatibilité avec le logiciel de votre expert-comptable
  • Attention aux fonctionnalités comptables trop basiques
  • Évitez les solutions pensées uniquement pour les micro-entrepreneurs
  • Assurez-vous que le logiciel gère bien le régime réel simplifié

Notre conseil

  • Pour une entreprise individuelle au régime réel, Pennylane est notre recommandation : comptabilité complète, collaboration avec l'expert-comptable, et gestion de la TVA automatisée. Axonaut et Sellsy sont d'excellentes alternatives pour ceux qui veulent aussi un CRM.

Questions fréquentes

Questions fréquentes

La micro-entreprise est une forme d'entreprise individuelle avec un régime fiscal simplifié (micro-fiscal). L'entreprise individuelle classique (EI) est au régime réel, avec une comptabilité plus complète mais la possibilité de déduire ses charges.
Oui. Toutes les entreprises individuelles assujetties à la TVA sont concernées. Réception obligatoire dès septembre 2026, émission obligatoire à partir de septembre 2027.
Ce n'est pas obligatoire, mais fortement recommandé au régime réel. Les bons logiciels permettent une collaboration fluide avec votre expert-comptable (accès partagé, export automatique, etc.).
Les logiciels adaptés aux EI gèrent automatiquement la TVA collectée (sur vos ventes) et déductible (sur vos achats). Certains pré-remplissent même votre déclaration de TVA.
Oui, les meilleurs logiciels (Pennylane, Indy, Axonaut) gèrent cette transition. Ils peuvent vous accompagner du régime micro au régime réel sans changer d'outil.
Depuis la loi de 2022, le patrimoine personnel de l'entrepreneur individuel est automatiquement protégé. Seul le patrimoine professionnel peut être saisi en cas de difficultés. Cette protection est automatique, pas besoin de déclaration.
Le non-respect de l'obligation expose à une amende forfaitaire de 15€ par facture non transmise au format électronique. En cas de manquement répété, les sanctions peuvent atteindre 75 000€ pour les entreprises individuelles (le double en cas de récidive).
Sources

Informations vérifiées le 05/02/2026