Meilleur logiciel Facturation Agréé pour Entreprise Individuelle
Pourquoi ce comparatif pour les entreprises individuelles ?
L'entreprise individuelle (EI) est un statut juridique qui permet d'exercer en nom propre avec une responsabilité limitée au patrimoine professionnel (depuis 2022). Contrairement à la micro-entreprise, l'EI au régime réel implique une comptabilité plus complète.
Avec la réforme de la facturation électronique 2026, les entreprises individuelles devront être équipées d'un logiciel conforme. La bonne nouvelle : plusieurs solutions sont parfaitement adaptées à ce statut, avec un bon équilibre entre simplicité et fonctionnalités comptables.
On a testé 8 logiciels adaptés aux entreprises individuelles, en évaluant leur gestion du régime réel simplifié et leur rapport qualité/prix.
- Test de chaque solution en configuration EI au régime réel
- Évaluation de la gestion de la TVA (déclaration, crédit de TVA)
- Test de l'export comptable pour l'expert-comptable
- Vérification du statut PA/PDP sur le registre officiel de la DGFIP
- Analyse du rapport qualité/prix pour les petites structures
- Test de la collaboration avec un expert-comptable
Ce classement est établi en toute indépendance. Nous ne percevons aucune commission sur les ventes. Les éditeurs ne peuvent pas payer pour améliorer leur position.
Notre classement

PENNYLANE
Meilleur choixPennylane est une plateforme tout-en-un de gestion financière et comptable conçue pour les TPE, PME et experts-comptables français. Immatriculée comme Plateforme Agréée depuis 2024, elle permet déjà d'émettre et recevoir des factures électroniques au format Factur-X sans surcoût, avec intégration native de toutes les fonctionnalités comptables : facturation illimitée, compte pro avec IBAN français, synchronisation bancaire automatique avec plus de 100 banques, suivi de trésorerie en temps réel, gestion des notes de frais et collaboration directe avec votre expert-comptable. La solution centralise l'ensemble des données financières pour offrir une vue unifiée et automatisée de la situation comptable, permettant aux dirigeants de prendre des décisions éclairées basées sur des informations actualisées. Avec plus de 4 500 cabinets comptables partenaires et une valorisation de 2 milliards d'euros suite à sa levée de 75 millions en 2025, Pennylane s'impose comme le leader français de la transformation digitale comptable.
Points forts
- Interface moderne et intuitive, synchronisation bancaire temps réel avec 350+ banques
- Collaboration cabinet-client fluide avec espace partagé et validation des écritures
- Automatisation poussée : OCR, rapprochement bancaire, pré-comptabilisation IA
À savoir
- Tarification progressive qui peut grimper avec le volume de transactions
- Courbe d'apprentissage pour les experts-comptables habitués aux outils traditionnels
- Fonctionnalités CRM et devis moins avancées que les solutions spécialisées

Axonaut
Excellent rapport qualité/prixAxonaut est un logiciel de gestion tout-en-un français pour TPE et PME qui centralise CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface intuitive et accessible.
Points forts
- Solution 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité dans une interface intuitive
- 320 000 utilisateurs : adoptée par plus de 12 000 entreprises françaises
- Application mobile complète (iOS/Android) avec API REST et connecteur MCP
À savoir
- Trop complet pour les micro-entreprises n'ayant besoin que de facturation simple
- Fonctionnalités limitées pour ETI et grands comptes nécessitant un ERP
- Intégrations tierces moins nombreuses que les leaders internationaux

Sellsy
Alternative solideSellsy est un logiciel français tout-en-un qui centralise CRM, facturation, trésorerie et pré-comptabilité dans une interface intuitive. Destiné aux TPE et PME, il permet de gérer devis, factures, abonnements récurrents, paiements en ligne (Stripe, GoCardless), relances automatiques et rapprochement bancaire. Rachetée par TeamSystem en septembre 2025, la plateforme compte plus de 23 000 entreprises clientes et 180 collaborateurs. Sellsy est immatriculée Plateforme Agréée (PA) pour la facturation électronique obligatoire 2026, avec formats structurés (Factur-X, UBL, CII) inclus sans surcoût. L'IA intégrée accélère la rédaction de devis et relances. Solution idéale pour facturer plus vite, encaisser plus tôt et piloter son activité en temps réel.
Points forts
- CRM complet avec pipeline commercial visuel et automatisations marketing
- Suite intégrée : prospection → devis → facture → comptabilité sans ressaisie
- 35 000 entreprises clientes, support français réactif basé à La Rochelle
À savoir
- Interface parfois dense avec beaucoup de fonctionnalités à maîtriser
- Tarif par utilisateur qui peut peser pour les équipes nombreuses
- Reporting avancé réservé aux formules supérieures
Alternatives
Tableau comparatif
| Outil | Facturation | Français | Mobile | API | CRM | Compta | Illimité |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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Comment choisir son logiciel en entreprise individuelle ?
Le choix du logiciel dépend de votre régime fiscal et de votre collaboration avec un expert-comptable.
Critères essentiels pour entreprise individuelle
5 points positifs
- Gestion complète de la TVA (collectée, déductible, déclaration)
- Export comptable compatible avec votre expert-comptable
- Rapprochement bancaire automatique
- Suivi de trésorerie et tableau de bord
- Statut PA/PDP pour la conformité 2026
Points d'attention
4 points d'attention
- Vérifiez la compatibilité avec le logiciel de votre expert-comptable
- Attention aux fonctionnalités comptables trop basiques
- Évitez les solutions pensées uniquement pour les micro-entrepreneurs
- Assurez-vous que le logiciel gère bien le régime réel simplifié
Notre conseil
- Pour une entreprise individuelle au régime réel, Pennylane est notre recommandation : comptabilité complète, collaboration avec l'expert-comptable, et gestion de la TVA automatisée. Axonaut et Sellsy sont d'excellentes alternatives pour ceux qui veulent aussi un CRM.
Questions fréquentes
Questions fréquentes
Informations vérifiées le 05/02/2026
- Liste officielle des PA/PDP — DGFIP - Registre officiel
- Le statut d'entreprise individuelle — Ministère de l'Économie
- Régime réel simplifié — Service-Public.fr




