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FE2026
TPE / PME

Meilleur logiciel Facturation Agréé pour TPE et PME

Vous cherchez le meilleur logiciel de facturation électronique pour votre TPE ou PME ? On a testé et comparé 11 solutions agréées PA/PDP pour vous aider à faire le bon choix avant septembre 2026.
Ilan Lemos
Ilan Lemos1 min de lecture

Pourquoi ce comparatif ?

La réforme de la facturation électronique 2026 arrive à grands pas. Dès septembre 2026, toutes les TPE et PME devront être capables de recevoir des factures électroniques. Et à partir de septembre 2027, elles devront également les émettre.

Face à cette obligation, le choix du bon logiciel est crucial. Mais avec plus de 80 plateformes agréées par la DGFIP, difficile de s'y retrouver. C'est pourquoi on a testé et comparé les 11 meilleures solutions adaptées aux TPE et PME françaises.

Notre objectif : vous aider à trouver l'outil qui correspond à vos besoins, votre budget et votre secteur d'activité.

Méthodologie de test
  • Test de chaque solution pendant minimum 5 jours avec un compte réel ou démo
  • Émission et réception de factures électroniques au format Factur-X
  • Évaluation de l'interface utilisateur et de la courbe d'apprentissage
  • Vérification du statut PA/PDP sur le registre officiel de la DGFIP
  • Analyse du rapport qualité/prix et des fonctionnalités incluses
  • Contact du support client pour évaluer la réactivité

Ce classement est établi en toute indépendance. Nous ne percevons aucune commission sur les ventes. Les éditeurs ne peuvent pas payer pour améliorer leur position.

Notre classement

Logo PENNYLANE

PENNYLANE

Meilleur choix
À partir de 14€/mois

Pennylane est une plateforme tout-en-un de gestion financière et comptable conçue pour les TPE, PME et experts-comptables français. Immatriculée comme Plateforme Agréée depuis 2024, elle permet déjà d'émettre et recevoir des factures électroniques au format Factur-X sans surcoût, avec intégration native de toutes les fonctionnalités comptables : facturation illimitée, compte pro avec IBAN français, synchronisation bancaire automatique avec plus de 100 banques, suivi de trésorerie en temps réel, gestion des notes de frais et collaboration directe avec votre expert-comptable. La solution centralise l'ensemble des données financières pour offrir une vue unifiée et automatisée de la situation comptable, permettant aux dirigeants de prendre des décisions éclairées basées sur des informations actualisées. Avec plus de 4 500 cabinets comptables partenaires et une valorisation de 2 milliards d'euros suite à sa levée de 75 millions en 2025, Pennylane s'impose comme le leader français de la transformation digitale comptable.

Points forts

  • Interface moderne et intuitive, synchronisation bancaire temps réel avec 350+ banques
  • Collaboration cabinet-client fluide avec espace partagé et validation des écritures
  • Automatisation poussée : OCR, rapprochement bancaire, pré-comptabilisation IA

À savoir

  • Tarification progressive qui peut grimper avec le volume de transactions
  • Courbe d'apprentissage pour les experts-comptables habitués aux outils traditionnels
  • Fonctionnalités CRM et devis moins avancées que les solutions spécialisées
Logo Axonaut

Axonaut

Excellent rapport qualité/prix
À partir de 34,99 € HT/mois

Axonaut est un logiciel de gestion tout-en-un français pour TPE et PME qui centralise CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface intuitive et accessible.

Points forts

  • Solution 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité dans une interface intuitive
  • 320 000 utilisateurs : adoptée par plus de 12 000 entreprises françaises
  • Application mobile complète (iOS/Android) avec API REST et connecteur MCP

À savoir

  • Trop complet pour les micro-entreprises n'ayant besoin que de facturation simple
  • Fonctionnalités limitées pour ETI et grands comptes nécessitant un ERP
  • Intégrations tierces moins nombreuses que les leaders internationaux
Logo Sellsy

Sellsy

Alternative solide
À partir de 39€/mois

Sellsy est un logiciel français tout-en-un qui centralise CRM, facturation, trésorerie et pré-comptabilité dans une interface intuitive. Destiné aux TPE et PME, il permet de gérer devis, factures, abonnements récurrents, paiements en ligne (Stripe, GoCardless), relances automatiques et rapprochement bancaire. Rachetée par TeamSystem en septembre 2025, la plateforme compte plus de 23 000 entreprises clientes et 180 collaborateurs. Sellsy est immatriculée Plateforme Agréée (PA) pour la facturation électronique obligatoire 2026, avec formats structurés (Factur-X, UBL, CII) inclus sans surcoût. L'IA intégrée accélère la rédaction de devis et relances. Solution idéale pour facturer plus vite, encaisser plus tôt et piloter son activité en temps réel.

Points forts

  • CRM complet avec pipeline commercial visuel et automatisations marketing
  • Suite intégrée : prospection → devis → facture → comptabilité sans ressaisie
  • 35 000 entreprises clientes, support français réactif basé à La Rochelle

À savoir

  • Interface parfois dense avec beaucoup de fonctionnalités à maîtriser
  • Tarif par utilisateur qui peut peser pour les équipes nombreuses
  • Reporting avancé réservé aux formules supérieures

Alternatives

4
Logo INDY

INDY

Indy est la solution comptable n°1 des indépendants français avec 200 000+ utilisateurs et note 4.7 Trustpilot. Basée à Lyon, Indy propose une plateforme complète officiellement immatriculée Plateforme Agréée pour la réforme 2026. L'offre Essentiel 100% gratuite inclut comptabilité automatisée (synchronisation bancaire, IA catégorisation, détection TVA), facturation conforme 2026, compte pro gratuit (IBAN FR, carte Mastercard, virements instantanés) et suivi temps réel. Formules payantes: Plus 9€/mois (fonctionnalités avancées pilotage) et Premium dès 12€/mois (déclarations obligatoires avec spécialistes). Cibles: auto-entrepreneurs, EI BNC, SAS/SASU, SARL/EURL <247k€ CA services ou <840k€ vente, SCI, LMNP. Support client 5 étoiles réponse <2min chat avec conseillers experts. Applications mobiles iOS (4.9) et Android (4.8) pour gestion nomade. Création entreprise offerte avec accompagnement gratuit spécialistes choix statut. Garantie satisfait ou remboursé 30 jours sans engagement.

5
Logo TIIME PDP

TIIME PDP

TIIME PDP est la seule plateforme agréée de facturation électronique 100% gratuite en France, immatriculée sous le numéro 0037 par la DGFiP. Conçue spécifiquement pour les indépendants, freelances, TPE et PME, TIIME propose une solution complète intégrant facturation électronique, comptabilité, compte professionnel et e-reporting dans un seul outil centralisé. Avec plus de 300 000 entrepreneurs utilisateurs et une note exceptionnelle de 4,8/5 sur plus de 4 700 avis, TIIME se distingue par sa simplicité d'utilisation et son accompagnement pas à pas. La plateforme est certifiée ISO 27001 et SecNumCloud, garantissant la sécurité des données, et est interopérable Peppol pour les échanges européens. Contrairement à la plupart des concurrents, TIIME maintient sa gratuité totale sans frais cachés pour l'émission et la réception de factures électroniques.

7
Logo ONE UP

ONE UP

ONE UP est une plateforme agréée de gestion d'entreprise cloud qui automatise 95% de la comptabilité pour les TPE et PME. Cette solution SaaS intègre la facturation électronique conforme 2026, la comptabilité automatisée, la gestion des stocks et un CRM complet. Immatriculée en tant que Plateforme Agréée par la DGFiP, ONE UP permet la création de devis, commandes et factures électroniques avec numérotation automatique et mentions légales. La connexion bancaire automatise les écritures comptables en temps réel. Utilisée par plus de 700 000 entreprises dans 50 pays, la plateforme se distingue par sa rapidité et son interface mobile-first disponible sur tous les appareils. Particulièrement adaptée aux small business et prescrite par des centaines de cabinets comptables, ONE UP offre un suivi client 360° avec notifications automatiques et relances.

8
Logo iPaidThat

iPaidThat

iPaidThat est une Plateforme Agréée (PA n°0043) proposant une solution complète de gestion comptable et financière automatisée pour TPE, PME et cabinets comptables. Filiale du Groupe BPCE depuis 2024, la plateforme centralise l'ensemble des processus financiers : facturation électronique conforme 2026, collecte automatique des factures via email et OCR (99% de précision), rapprochement bancaire intelligent, paiement groupé des fournisseurs, gestion des notes de frais via application mobile, et prévisionnel de trésorerie en temps réel. Avec plus de 10 000 utilisateurs et 1 800 cabinets équipés, iPaidThat se distingue par son accompagnement premium incluant formation en visio, support réactif et centre de ressources exhaustif. La solution s'intègre à plus de 250 services bancaires et aux principaux logiciels comptables (Cegid, Sage, ACD, Inqom, MyUnisoft). iPaidThat offre un essai gratuit de 14 jours sans engagement et bénéficie d'une excellente réputation avec une note de 4,1/5 sur Trustpilot (70 avis).

10
Logo QONTO

QONTO

Qonto est une néobanque professionnelle française immatriculée Plateforme Agréée (PA n°23) par la DGFiP pour la facturation électronique obligatoire 2026. Elle combine compte professionnel et logiciel de facturation conforme au format Factur-X dans une interface unique. La solution permet de créer, envoyer et recevoir des factures électroniques en conformité réglementaire, tout en centralisant la gestion bancaire et comptable. Qonto se distingue par son approche tout-en-un incluant la facturation électronique sans surcoût dans tous ses forfaits, des virements instantanés, plus de 80 intégrations tierces, et un accès comptable direct. Particulièrement adaptée aux TPE-PME de 5 à 50 salariés, la plateforme offre une transition simple vers la conformité 2026 avec un accompagnement dédié et une interface pensée pour les entrepreneurs.

Tableau comparatif

OutilFacturationFrançaisMobileAPICRMComptaIllimité
PENNYLANE
PENNYLANE
Axonaut
Axonaut
Sellsy
Sellsy
INDY
INDY
TIIME PDP
TIIME PDP
Abby
Abby
ONE UP
ONE UP
iPaidThat
iPaidThat
JeFacture
JeFacture
QONTO
QONTO
Flowie
Flowie

Comment choisir son logiciel de facturation ?

Avant de vous lancer, posez-vous les bonnes questions. Votre choix dépend de plusieurs critères essentiels.

Critères essentiels

5 points positifs

  • Statut PA/PDP confirmé sur le registre DGFIP
  • Support des formats Factur-X, UBL ou CII
  • Archivage légal 10 ans inclus
  • Support client en français et réactif
  • Prix adapté à votre volume de factures

Points d'attention

4 points d'attention

  • Méfiez-vous des offres "gratuites" avec coûts cachés
  • Vérifiez la compatibilité avec votre logiciel comptable
  • Attention aux tarifs qui explosent avec le volume
  • Évitez les solutions sans mobile si vous êtes souvent en déplacement

Notre conseil

  • Commencez par tester 2-3 solutions en version d'essai gratuit. Ne vous engagez pas sur la base d'une démo commerciale uniquement. Testez avec vos propres données et vos cas d'usage réels.

Questions fréquentes

Questions fréquentes

Oui. Toutes les entreprises assujetties à la TVA, y compris les TPE, devront recevoir des factures électroniques dès septembre 2026. L'obligation d'émission interviendra en septembre 2027 pour les TPE et PME.
Toutes les entreprises B2B assujetties à la TVA en France sont concernées. Les transactions B2C (vers les particuliers) et les transactions internationales font l'objet d'un e-reporting distinct.
Le calendrier est le suivant : réception obligatoire pour tous dès septembre 2026. Émission obligatoire : septembre 2026 pour les grandes entreprises et ETI, septembre 2027 pour les TPE et PME.
Selon notre classement, Pennylane arrive en tête grâce à son interface intuitive, sa synchronisation bancaire automatique et sa collaboration fluide avec les experts-comptables. Axonaut et Sellsy sont d'excellentes alternatives selon vos besoins spécifiques.
Les tarifs varient de 0€ (offres freemium limitées) à 100€+/mois pour les solutions complètes. Pour une TPE, comptez en moyenne 15-40€/mois. Nous recommandons de privilégier les offres avec essai gratuit pour tester avant de s'engager.
PA (Plateforme Agréée) et PDP (Plateforme de Dématérialisation Partenaire) désignent la même chose depuis la simplification de 2024. Ce sont des plateformes immatriculées par la DGFIP, autorisées à émettre et recevoir des factures électroniques conformes.
Sources

Informations vérifiées le 05/02/2026