Meilleur logiciel Facturation Agréé pour PME
Pourquoi ce comparatif pour les PME ?
Entre 10 et 249 salariés, jusqu'à 50 millions d'euros de chiffre d'affaires : les PME ont des besoins spécifiques en matière de facturation. Gestion multi-utilisateurs, workflows de validation, intégration comptable, volumes conséquents.
Avec la réforme de la facturation électronique 2026, les PME devront recevoir des factures électroniques dès septembre 2026, puis les émettre à partir de septembre 2027. Le temps presse pour choisir et déployer la bonne solution.
On a testé 10 logiciels adaptés aux PME françaises, en évaluant leur capacité à gérer plusieurs utilisateurs, des volumes de factures importants et des intégrations avec vos outils existants (ERP, CRM, comptabilité).
- Test de chaque solution pendant minimum 5 jours avec un compte multi-utilisateurs
- Évaluation des workflows de validation et de la gestion des droits
- Test des intégrations comptables et ERP (Sage, Cegid, QuickBooks)
- Vérification du statut PA/PDP sur le registre officiel de la DGFIP
- Analyse de la scalabilité (montée en charge avec 500+ factures/mois)
- Évaluation de l'accompagnement éditeur et du support dédié
Ce classement est établi en toute indépendance. Nous ne percevons aucune commission sur les ventes. Les éditeurs ne peuvent pas payer pour améliorer leur position.
Notre classement

PENNYLANE
Meilleur choixPennylane est une plateforme tout-en-un de gestion financière et comptable conçue pour les TPE, PME et experts-comptables français. Immatriculée comme Plateforme Agréée depuis 2024, elle permet déjà d'émettre et recevoir des factures électroniques au format Factur-X sans surcoût, avec intégration native de toutes les fonctionnalités comptables : facturation illimitée, compte pro avec IBAN français, synchronisation bancaire automatique avec plus de 100 banques, suivi de trésorerie en temps réel, gestion des notes de frais et collaboration directe avec votre expert-comptable. La solution centralise l'ensemble des données financières pour offrir une vue unifiée et automatisée de la situation comptable, permettant aux dirigeants de prendre des décisions éclairées basées sur des informations actualisées. Avec plus de 4 500 cabinets comptables partenaires et une valorisation de 2 milliards d'euros suite à sa levée de 75 millions en 2025, Pennylane s'impose comme le leader français de la transformation digitale comptable.
Points forts
- Interface moderne et intuitive, synchronisation bancaire temps réel avec 350+ banques
- Collaboration cabinet-client fluide avec espace partagé et validation des écritures
- Automatisation poussée : OCR, rapprochement bancaire, pré-comptabilisation IA
À savoir
- Tarification progressive qui peut grimper avec le volume de transactions
- Courbe d'apprentissage pour les experts-comptables habitués aux outils traditionnels
- Fonctionnalités CRM et devis moins avancées que les solutions spécialisées

Sellsy
Excellent rapport qualité/prixSellsy est un logiciel français tout-en-un qui centralise CRM, facturation, trésorerie et pré-comptabilité dans une interface intuitive. Destiné aux TPE et PME, il permet de gérer devis, factures, abonnements récurrents, paiements en ligne (Stripe, GoCardless), relances automatiques et rapprochement bancaire. Rachetée par TeamSystem en septembre 2025, la plateforme compte plus de 23 000 entreprises clientes et 180 collaborateurs. Sellsy est immatriculée Plateforme Agréée (PA) pour la facturation électronique obligatoire 2026, avec formats structurés (Factur-X, UBL, CII) inclus sans surcoût. L'IA intégrée accélère la rédaction de devis et relances. Solution idéale pour facturer plus vite, encaisser plus tôt et piloter son activité en temps réel.
Points forts
- CRM complet avec pipeline commercial visuel et automatisations marketing
- Suite intégrée : prospection → devis → facture → comptabilité sans ressaisie
- 35 000 entreprises clientes, support français réactif basé à La Rochelle
À savoir
- Interface parfois dense avec beaucoup de fonctionnalités à maîtriser
- Tarif par utilisateur qui peut peser pour les équipes nombreuses
- Reporting avancé réservé aux formules supérieures

Axonaut
Alternative solideAxonaut est un logiciel de gestion tout-en-un français pour TPE et PME qui centralise CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface intuitive et accessible.
Points forts
- Solution 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité dans une interface intuitive
- 320 000 utilisateurs : adoptée par plus de 12 000 entreprises françaises
- Application mobile complète (iOS/Android) avec API REST et connecteur MCP
À savoir
- Trop complet pour les micro-entreprises n'ayant besoin que de facturation simple
- Fonctionnalités limitées pour ETI et grands comptes nécessitant un ERP
- Intégrations tierces moins nombreuses que les leaders internationaux
Alternatives
Tableau comparatif
| Outil | Facturation | Français | Mobile | API | CRM | Compta | Illimité |
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Comment choisir son logiciel quand on est une PME ?
Pour une PME, le logiciel de facturation n'est plus un outil individuel. C'est un maillon de votre chaîne de gestion. Les critères de choix vont bien au-delà du prix.
Critères essentiels pour une PME
5 points positifs
- Gestion multi-utilisateurs avec rôles et droits d'accès
- Workflows de validation configurables (approbation manager, DAF)
- Intégrations natives avec votre ERP ou logiciel comptable
- Capacité à gérer des volumes importants (500+ factures/mois)
- Tableaux de bord et reporting pour le pilotage financier
Points d'attention
4 points d'attention
- Anticipez le déploiement : comptez 2 à 4 mois pour former vos équipes
- Vérifiez les coûts par utilisateur (certaines offres explosent avec 10+ users)
- Attention aux solutions trop simples qui ne tiendront pas la charge
- Assurez-vous que l'éditeur propose un accompagnement au déploiement
Notre conseil
- Pour une PME, Pennylane offre le meilleur équilibre entre fonctionnalités avancées et facilité d'utilisation, avec une collaboration comptable native. Sellsy est idéal si vous cherchez un CRM + facturation intégré. Pour les PME industrielles ou avec des besoins ERP, Sage et Cegid restent des valeurs sûres.
Questions fréquentes
Questions fréquentes
Informations vérifiées le 11/02/2026
- Liste officielle des PA/PDP — DGFIP - Registre officiel
- Calendrier de la réforme — Ministère de l'Économie
- Définition PME (INSEE) — INSEE






