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FE2026
PME

Meilleur logiciel Facturation Agréé pour PME

Vous dirigez une PME et cherchez un logiciel de facturation électronique capable de gérer vos équipes et vos volumes ? On a testé et comparé 10 solutions agréées PA/PDP adaptées aux PME françaises.
Ilan Lemos
Ilan Lemos1 min de lecture

Pourquoi ce comparatif pour les PME ?

Entre 10 et 249 salariés, jusqu'à 50 millions d'euros de chiffre d'affaires : les PME ont des besoins spécifiques en matière de facturation. Gestion multi-utilisateurs, workflows de validation, intégration comptable, volumes conséquents.

Avec la réforme de la facturation électronique 2026, les PME devront recevoir des factures électroniques dès septembre 2026, puis les émettre à partir de septembre 2027. Le temps presse pour choisir et déployer la bonne solution.

On a testé 10 logiciels adaptés aux PME françaises, en évaluant leur capacité à gérer plusieurs utilisateurs, des volumes de factures importants et des intégrations avec vos outils existants (ERP, CRM, comptabilité).

Méthodologie de test
  • Test de chaque solution pendant minimum 5 jours avec un compte multi-utilisateurs
  • Évaluation des workflows de validation et de la gestion des droits
  • Test des intégrations comptables et ERP (Sage, Cegid, QuickBooks)
  • Vérification du statut PA/PDP sur le registre officiel de la DGFIP
  • Analyse de la scalabilité (montée en charge avec 500+ factures/mois)
  • Évaluation de l'accompagnement éditeur et du support dédié

Ce classement est établi en toute indépendance. Nous ne percevons aucune commission sur les ventes. Les éditeurs ne peuvent pas payer pour améliorer leur position.

Notre classement

Logo PENNYLANE

PENNYLANE

Meilleur choix
À partir de 14€/mois

Pennylane est une plateforme tout-en-un de gestion financière et comptable conçue pour les TPE, PME et experts-comptables français. Immatriculée comme Plateforme Agréée depuis 2024, elle permet déjà d'émettre et recevoir des factures électroniques au format Factur-X sans surcoût, avec intégration native de toutes les fonctionnalités comptables : facturation illimitée, compte pro avec IBAN français, synchronisation bancaire automatique avec plus de 100 banques, suivi de trésorerie en temps réel, gestion des notes de frais et collaboration directe avec votre expert-comptable. La solution centralise l'ensemble des données financières pour offrir une vue unifiée et automatisée de la situation comptable, permettant aux dirigeants de prendre des décisions éclairées basées sur des informations actualisées. Avec plus de 4 500 cabinets comptables partenaires et une valorisation de 2 milliards d'euros suite à sa levée de 75 millions en 2025, Pennylane s'impose comme le leader français de la transformation digitale comptable.

Points forts

  • Interface moderne et intuitive, synchronisation bancaire temps réel avec 350+ banques
  • Collaboration cabinet-client fluide avec espace partagé et validation des écritures
  • Automatisation poussée : OCR, rapprochement bancaire, pré-comptabilisation IA

À savoir

  • Tarification progressive qui peut grimper avec le volume de transactions
  • Courbe d'apprentissage pour les experts-comptables habitués aux outils traditionnels
  • Fonctionnalités CRM et devis moins avancées que les solutions spécialisées
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Sellsy

Excellent rapport qualité/prix
À partir de 39€/mois

Sellsy est un logiciel français tout-en-un qui centralise CRM, facturation, trésorerie et pré-comptabilité dans une interface intuitive. Destiné aux TPE et PME, il permet de gérer devis, factures, abonnements récurrents, paiements en ligne (Stripe, GoCardless), relances automatiques et rapprochement bancaire. Rachetée par TeamSystem en septembre 2025, la plateforme compte plus de 23 000 entreprises clientes et 180 collaborateurs. Sellsy est immatriculée Plateforme Agréée (PA) pour la facturation électronique obligatoire 2026, avec formats structurés (Factur-X, UBL, CII) inclus sans surcoût. L'IA intégrée accélère la rédaction de devis et relances. Solution idéale pour facturer plus vite, encaisser plus tôt et piloter son activité en temps réel.

Points forts

  • CRM complet avec pipeline commercial visuel et automatisations marketing
  • Suite intégrée : prospection → devis → facture → comptabilité sans ressaisie
  • 35 000 entreprises clientes, support français réactif basé à La Rochelle

À savoir

  • Interface parfois dense avec beaucoup de fonctionnalités à maîtriser
  • Tarif par utilisateur qui peut peser pour les équipes nombreuses
  • Reporting avancé réservé aux formules supérieures
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Axonaut

Alternative solide
À partir de 34,99 € HT/mois

Axonaut est un logiciel de gestion tout-en-un français pour TPE et PME qui centralise CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité, compte pro et bien plus dans une interface intuitive et accessible.

Points forts

  • Solution 100% française tout-en-un : CRM, facturation, trésorerie, stock, comptabilité dans une interface intuitive
  • 320 000 utilisateurs : adoptée par plus de 12 000 entreprises françaises
  • Application mobile complète (iOS/Android) avec API REST et connecteur MCP

À savoir

  • Trop complet pour les micro-entreprises n'ayant besoin que de facturation simple
  • Fonctionnalités limitées pour ETI et grands comptes nécessitant un ERP
  • Intégrations tierces moins nombreuses que les leaders internationaux

Alternatives

4
Logo SAGE

SAGE

Sage est un éditeur britannique historique fondé en 1981, devenu l'un des leaders mondiaux des logiciels de gestion d'entreprise. En France, ses solutions Sage 100, Sage Business Cloud et Sage X3 équipent plus de 250 000 entreprises. Dans le cadre de la réforme 2026, Sage a développé Sage Network, sa Plateforme Agréée (PA) certifiée par l'administration fiscale et intégrée nativement sans surcoût dans toutes ses solutions de gestion. Cette PA garantit l'émission et la réception conformes des factures électroniques aux formats réglementaires (Factur-X, UBL, CII). Sage Network se distingue par son écosystème collaboratif unique connectant votre entreprise aux clients, fournisseurs, banques et administrations, avec hébergement SecNumCloud en France garantissant la souveraineté des données. Les entreprises Sage bénéficient d'une transition simplifiée avec mise à jour automatique vers la conformité 2026.

5
Logo CEGID

CEGID

Cegid, leader français des solutions de gestion basé à Lyon avec 5 000 collaborateurs et 500 000+ clients, propose une Plateforme Agréée (ex-PDP) immatriculée numéro 0007 par la DGFiP pour la facturation électronique obligatoire 2026-2027. Fort de 10 ans d'expérience PDP au Portugal avec 230 millions de documents traités annuellement, Cegid offre une solution bout-en-bout intégrant nativement toutes ses solutions de gestion (Cegid et EBP) et gérant les flux complets : création facture, émission, transmission via réseau PEPPOL (Cegid est AccessPoint certifié). La plateforme supporte tous formats obligatoires (Factur-X, UBL, CII) et formats EDI-Fact existants, garantit conformité complète e-invoicing et e-reporting, et offre fonctionnalités avancées : automatisation rappels, suivi cycle vie factures, contrôles conformité automatiques, gestion factures B2C et internationales hors champ réforme. Interface intuitive priviligiant l'expérience utilisateur avec intégration transparente ERP existants.

6
Logo iPaidThat

iPaidThat

iPaidThat est une Plateforme Agréée (PA n°0043) proposant une solution complète de gestion comptable et financière automatisée pour TPE, PME et cabinets comptables. Filiale du Groupe BPCE depuis 2024, la plateforme centralise l'ensemble des processus financiers : facturation électronique conforme 2026, collecte automatique des factures via email et OCR (99% de précision), rapprochement bancaire intelligent, paiement groupé des fournisseurs, gestion des notes de frais via application mobile, et prévisionnel de trésorerie en temps réel. Avec plus de 10 000 utilisateurs et 1 800 cabinets équipés, iPaidThat se distingue par son accompagnement premium incluant formation en visio, support réactif et centre de ressources exhaustif. La solution s'intègre à plus de 250 services bancaires et aux principaux logiciels comptables (Cegid, Sage, ACD, Inqom, MyUnisoft). iPaidThat offre un essai gratuit de 14 jours sans engagement et bénéficie d'une excellente réputation avec une note de 4,1/5 sur Trustpilot (70 avis).

7
Logo QONTO

QONTO

Qonto est une néobanque professionnelle française immatriculée Plateforme Agréée (PA n°23) par la DGFiP pour la facturation électronique obligatoire 2026. Elle combine compte professionnel et logiciel de facturation conforme au format Factur-X dans une interface unique. La solution permet de créer, envoyer et recevoir des factures électroniques en conformité réglementaire, tout en centralisant la gestion bancaire et comptable. Qonto se distingue par son approche tout-en-un incluant la facturation électronique sans surcoût dans tous ses forfaits, des virements instantanés, plus de 80 intégrations tierces, et un accès comptable direct. Particulièrement adaptée aux TPE-PME de 5 à 50 salariés, la plateforme offre une transition simple vers la conformité 2026 avec un accompagnement dédié et une interface pensée pour les entrepreneurs.

8
Logo YOOZ PDP

YOOZ PDP

Yooz est une solution cloud de dématérialisation et d'automatisation du processus Purchase-to-Pay reconnue comme Plateforme Agréée (PA) officiellement immatriculée par la DGFiP sous le numéro 0047 depuis septembre 2024. Leader sur le marché français et international avec 600 000 utilisateurs dans 50 pays, Yooz combine intelligence artificielle avancée, simplicité d'utilisation et couverture fonctionnelle complète pour automatiser l'ensemble des processus de facturation achat et vente. La solution se distingue par son portail collaboratif unique permettant d'émettre, recevoir et suivre toutes les factures électroniques en temps réel, avec conformité totale aux formats socles de la réforme 2026 (Factur-X, UBL, CII). Avec plus de 250 connecteurs ERP natifs et un écosystème regroupant plus de 400 000 entreprises, Yooz s'impose comme le partenaire stratégique pour la transition vers la facturation électronique obligatoire tout en optimisant productivité, sécurité et conformité des processus financiers.

9
Logo TIIME PDP

TIIME PDP

TIIME PDP est la seule plateforme agréée de facturation électronique 100% gratuite en France, immatriculée sous le numéro 0037 par la DGFiP. Conçue spécifiquement pour les indépendants, freelances, TPE et PME, TIIME propose une solution complète intégrant facturation électronique, comptabilité, compte professionnel et e-reporting dans un seul outil centralisé. Avec plus de 300 000 entrepreneurs utilisateurs et une note exceptionnelle de 4,8/5 sur plus de 4 700 avis, TIIME se distingue par sa simplicité d'utilisation et son accompagnement pas à pas. La plateforme est certifiée ISO 27001 et SecNumCloud, garantissant la sécurité des données, et est interopérable Peppol pour les échanges européens. Contrairement à la plupart des concurrents, TIIME maintient sa gratuité totale sans frais cachés pour l'émission et la réception de factures électroniques.

Tableau comparatif

OutilFacturationFrançaisMobileAPICRMComptaIllimité
PENNYLANE
PENNYLANE
Sellsy
Sellsy
Axonaut
Axonaut
SAGE
SAGE
CEGID
CEGID
iPaidThat
iPaidThat
QONTO
QONTO
YOOZ PDP
YOOZ PDP
TIIME PDP
TIIME PDP
Flowie
Flowie

Comment choisir son logiciel quand on est une PME ?

Pour une PME, le logiciel de facturation n'est plus un outil individuel. C'est un maillon de votre chaîne de gestion. Les critères de choix vont bien au-delà du prix.

Critères essentiels pour une PME

5 points positifs

  • Gestion multi-utilisateurs avec rôles et droits d'accès
  • Workflows de validation configurables (approbation manager, DAF)
  • Intégrations natives avec votre ERP ou logiciel comptable
  • Capacité à gérer des volumes importants (500+ factures/mois)
  • Tableaux de bord et reporting pour le pilotage financier

Points d'attention

4 points d'attention

  • Anticipez le déploiement : comptez 2 à 4 mois pour former vos équipes
  • Vérifiez les coûts par utilisateur (certaines offres explosent avec 10+ users)
  • Attention aux solutions trop simples qui ne tiendront pas la charge
  • Assurez-vous que l'éditeur propose un accompagnement au déploiement

Notre conseil

  • Pour une PME, Pennylane offre le meilleur équilibre entre fonctionnalités avancées et facilité d'utilisation, avec une collaboration comptable native. Sellsy est idéal si vous cherchez un CRM + facturation intégré. Pour les PME industrielles ou avec des besoins ERP, Sage et Cegid restent des valeurs sûres.

Questions fréquentes

Questions fréquentes

Oui. Les PME (10 à 249 salariés) devront recevoir des factures électroniques dès septembre 2026. L'obligation d'émission entre en vigueur en septembre 2027. Il est recommandé d'anticiper dès maintenant le choix et le déploiement de votre solution.
Selon notre classement, Pennylane arrive en tête grâce à ses fonctionnalités complètes, sa gestion multi-utilisateurs et sa collaboration native avec les experts-comptables. Sellsy est idéal pour les PME commerciales qui veulent un CRM intégré.
Pour une PME, les tarifs vont de 30€ à 150€/mois selon le nombre d'utilisateurs et les fonctionnalités. Attention aux coûts par utilisateur supplémentaire. Certains éditeurs proposent des tarifs dégressifs à partir de 10 licences.
La plupart des solutions modernes proposent des connecteurs natifs avec Sage, Cegid, QuickBooks ou ACD. Pour les ERP plus spécifiques, vérifiez la disponibilité d'API ouvertes. Prévoyez un temps de paramétrage de 2 à 4 semaines pour l'intégration.
Oui, les solutions adaptées aux PME proposent une gestion fine des rôles : administrateur, comptable, commercial, manager avec validation. Chaque utilisateur voit uniquement les données pertinentes pour son poste et ses droits de validation.
Les ETI (250+ salariés) doivent émettre et recevoir dès septembre 2026 (première vague). Les PME (10-249 salariés) doivent recevoir en septembre 2026 mais n'ont l'obligation d'émission qu'en septembre 2027. Le calendrier est plus souple pour les PME.
Sources

Informations vérifiées le 11/02/2026